James Tisdall
Mastering Perl for Bioinformatics

O'Reilly - 2003 - 39.95 USD
ISBN:0-596-00307-2
© 2003 Perl Mongers Italia. Tutti i diritti riservati.

Recensione di dree [Voto:4.5/5]

Seguito ideale di "Beginning Perl for Bioinformatics", questo volume ha come obiettivo quello di fornire a degli esperti in biologia conoscenze più approfondite sul Perl quali ad esempio OOP e strutture dati avanzate.

Il libro è indirizzato ai bioinformatici che vogliono ampliare il proprio bagaglio di conoscenze sulla programmazione Perl a tal punto da poter essere in grado di capire e modificare i programmi scritti da altri. Il libro è diviso in tre sezioni: la prima e più consistente è dedicata alla programmazione ad oggetti, intesa sia come sintassi e tecniche OPP sia sull'impostazione dei propri programmi in maniera modulare. La seconda parte è dedicata al Perl come strumento per la bioinformatica nel trattamento dei file, delle stringhe, di accesso a specifiche risorse per questa branca della scienza. La terza parte infine è dedicata alle appendici. Il capitolo 1 è dedicato al concetto di package e alla scrittura di un proprio modulo, con riferimenti a CPAN e all'installazione di moduli scritti da altri.

Per tutto il libro, l'autore utilizza esempi di codice prettamente legati alla biologia come ad esempio le sequenza di DNA ed alla fine di ogni capitolo sono presenti numerosi esercizi da poter svolgere. Il capitolo 2 è una corposa trattazione sui tipi di base e sulle strutture dati complesse, con qualche pagina dedicata alla programmazione dinamica e ad una implementazione di distanza di stringa come esempio di algoritmo applicato alle strutture dati.

Il capitolo 3 parla ampiamente della programmazione ad oggetti costruendo del codice legato all'utilizzo in bioinformatica, con utili accenni al POD per la documentazione dei sorgenti. I due capitoli seguenti descrivono l'implementazione di classi specifiche, utili a risolvere quelle problematiche informatiche che sono maggiormente utili al bioinformatico quali ad esempio la gestione di file del capitolo 4 o l'accesso a particolari basi di dati (ad es. Rebase).

Il capitolo 6 è dedicato a DBI e a SQL con un occhio di riguardo per MySQL, mentre il capitolo 7 parla di web: HTML, CGI eccetera, sempre incentrati sull'utilizzo di queste tecnologie al servizio del bioinformatico. Infine le appendici: l'appendice A è un ottimo riassunto di quanto è Perl, l'appendice B parla della installazione dell'interprete.

Questo libro è dichiaratamente pensato per il bioinformatico. Dunque gli utenti tipo di questa opera sono delle persone che conoscono la biologia e che vogliono usare Perl come strumento per facilitare la loro opera di studio e di ricerca; non vengono dunque fornite alcune nozioni di biologia.

Per un informatico che voglia avvicinarsi alla bioinformatica, la mancanza di un capitolo o di una appendice con un breve azzeramento sulla biologia, si fa sentire.

Sarebbero bastati un breve glossario o anche delle pagine con dei riferimenti bibliografici, dei link o delle parole di ricerca con i quali poter attingere ad informazioni che aiutassero, ad esempio, a capire il significato di lunghe sequenze di caratterti come ATTAATTTTTCCGATC .